À la suite de l'armistice, la France est coupée en deux par la ligne de démarcation et son armée est considérablement réduite. En septembre 1940, le contrôle des communications (postales, télégraphique, téléphoniques) passe sous l'autorité du Ministère de l'Intérieur. La supervision de cette fonction de contrôle est confiée au Service des Contrôles Techniques (S.C.T.).
Il en résulte une nouvelle répartition des commissions de contrôle exclusivement en zone sud non-occupée (les commissions de zone occupée disparaissent dès l'armistice de juin 1940) et la disparition de toute référence aux autorités militaires (à partir du passage sous l'autorité du ministère de l'intérieur en septembre 1940).De nouveaux cachets sont donc confectionnés avec la mention ouvert par les autorités du contrôle ou ouvert par les autorités de contrôle en remplacement de la mention ouvert par les autorités militaires des cachets de la période 1939-1940.
Ces cachets sont progressivement mis en service en septembre 1940 : en attendant les nouveaux cachets, ceux de la période 1939-1940 avec l'ancienne mention continuent à être utilisés par les commissions vichystes.
Les cachets UA1 (commission de Paris) et UP50 et UP51 (courrier des prisonniers de guerre) avec mention autorités militaires ont été déménagés de Paris à Vichy où ils ont brièvement été utilisés avant d'être remplacés par des cachets avec mention autorités de contrôle
Par ailleurs les formes de cachets sont beaucoup plus variées que durant la période 1939-1940. Si certains conservent la forme de "calisson" typique, d'autres ont été refaits avec des formes ovales de différentes tailles, ou de calissons tronqués.
La série W du contrôle postal international est réduite à quatre commissions, mais de nouvelles commissions apparaissent en 1942 sous la série X.